El Hospital la Misericordia de Yalí tuvo su origen en 1943 cuando los dirigentes municipales ordenaron la construcción de un edificio adecuado para su funcionamiento en un terreno cedido por el señor Emiro Álvarez.

En 1944 el Honorable Concejo de Yolombó hizo la creación oficial del Hospital mediante acuerdo Nro. 20 del 25 de junio, el cual sería administrado por una Junta Directiva conformada por las principales personalidades del corregimiento.Por falta de dotación, sólo hasta el 9 de mayo de 1949 fue abierto al servicio de la comunidad, los cuales se beneficiaban de los servicios gratuitamente. Así funcionó algunos años pero en condiciones tan precarias y sin presupuesto no pudo subsistir, y tuvo que cerrarse como Hospital para servir como escuela de niños.

Pasado algún tiempo se reabrió con mejores perspectivas, pues la Junta Directiva había conseguido auxilios con el Gobierno nacional, La Beneficencia de Antioquia y el Municipio de Yolombó; además de algunas donaciones de personas con buenos recursos económicos del corregimiento y una mínima cuota que se le cobraba a los pacientes para ayudar al sostenimiento de la Institución.

El 1 de agosto de 1968 se firmó la integración de servicios del Hospital por el Doctor Octavio Arismendi Posada, Gobernador de Antioquia; el Doctor Antonio Yépez Parra como Secretario de Salud y por el Señor Tomás Llano Peláez, como representante legal del Hospital.

En 1990 se inició la construcción de la nueva planta física con un aporte departamental de $6’000.000. La construcción de la primera etapa finalizó en el 1994 y fue inaugurada en el año 1995.

Según Acuerdo Nro. 004 del 27 de mayo de 1994, emanado del Honorable Concejo Municipal de Yalí – Antioquia, el Hospital La Misericordia del municipio de Yalí, es transformado en Empresa Social del Estado, en calidad de entidad descentralizada del orden municipal, dotada de personería jurídica, patrimonio propio y autonomía administrativa.

En el año 2001 fue construida una segunda etapa correspondiente al servicio de urgencias y adecuación del laboratorio esto con recursos de la Administración Departamental y Municipal.

El 11 de abril de 2003 se realizó inscripción en el registro especial de prestadores, y realizó su primer trámite de habilitación de los servicios a prestar ante la Dirección Seccional de Salud de Antioquia en el año 2005; y los servicios fueron habilitados el 28 de septiembre de 2006 en cumplimiento del Sistema Obligatorio de garantía de la calidad en salud.

El 20 de septiembre de 2006 La ESE Hospital La Misericordia recibe certificación como institución amiga de la Mujer y la Infancia IIAMI, otorgada por la UNICEF, el Ministerio de la Protección Social y la Dirección Seccional de Salud de Antioquia por haber cumplido a cabalidad con los 10 pasos hacia una feliz lactancia natural y una maternidad segura.

En octubre 23 de 2007 la ESE recibe reconocimiento público de la gobernación de Antioquia por el trabajo realizado en el mejoramiento de la calidad de sus servicios y la participación en el concurso Premio Antioqueño a la excelencia Hospitalaria, organizado por la Dirección Seccional de Salud de Antioquia.

En enero de 2008 la Dra. Lizette Correa Vergara, Nutricionista Dietista y Primera Gestora Social empieza a visionar la implementación de un centro de recuperación nutricional en Yalí de la mano del alcalde, sueño que se materializó en menos de 6 meses y se inauguró el 15 de diciembre del mismo año por parte del Gobernador de Antioquia, Dr. Luis Alfredo Ramos Botero y otras personalidades nacionales y municipales.

El Centro de Recuperación Nutricional Color Esperanza inicia su funcionamiento el 5 de Enero de 2009, estableciéndose como un servicio de de la ESE Hospital La Misericordia de Yalí, estrategia que continúa funcionando hasta la actualidad.

Hoy 20 años, 9 meses y 13 días después de su transformación La Empresa Social del Estado Hospital La Misericordia, ha procurado su sostenibilidad y crecimiento a fin de mejorar continuamente la calidad de sus servicios y contribuir al mejoramiento de la calidad de vida de la comunidad yaliseña.